La historia del municipio de "El Nayar" nos permite remontarnos a épocas antiguas con la llegada de los primeros pobladores, en este caso uno de los elementos que fueron encontrados en la zona fueron algunas piedrasque estaban grabadas con una diversidad de representaciones como la cacería, los hombres, espirales, perros y otros. Éstas se encontraron en lugares como la Piedra del Diablo, La Boquilla y el Paso de la Güilota, en donde la localidad de Los Sabinos cuenta con 13 pozos en donde se encontraron algunas reliquias históricas, como por ejemplo la cerámica que antes se utilizó para lo culinario monocroma y esgrafiada en varios colores, también había hachas de garganta y puntas de proyectil hechos en obsidiana. En los otros pozos había restos humanos, algunos decapitados y depositados en vasijas de barro, otros estaban sobre piedras lajas, tenáin cenizas encima y otros estaban sobre una base de carbón y cenizas. Los historiadores consideran que todo eso fue era parte de los famosos rituales que las tribus hacían a sus Dioses, con la finalidad de pedirles cosas.

Otros grupos que habitaron en la región de El Nayar, dejaron importantes fragmentos de pipas, lo que hace creer que consumían tabaco que era traído de la costa, también habían muchos objetos hechos de concha como collares, aretes, cuentas para collares largos y cortos, pulseras, anillos, objetos hechos de cobre, entre otros elementos personales. Esto hace creer a los historiadores que estos grupos indígenas se dedicaron a la elaboración de artesanías, debido a que todos lo que utilizaron para crear cosas, tenían formas especiales y hacen pensar que se creaban para ser comercializados porque desde épocas antiguas, los habitantes de muchos lugares se dieron cuenta de que era una forma de sobrevivir y de intercambiar cosas, así como ganar su propio dinero para adquirir otras cosas que necesitaban. También se señala que las artesanías fueron realizadas en el año 700 d. c. y fue así hasta la época de la Conquista, en donde sus creaciones debieron haber evolucionado con el tiempo, perfeccionando la habilidad para hcer cada uno de los detalles.

La historia también señala otro pasaje importante y se trata de la misión religiosa que llegó a la zona concoida como La Mesa del Nayar, en donde primero se dio una conquista española emprendida por Nuño Beltrán de Guzmán, en donde los poblados con habitantes Coras, se resistieron a que es sucediera, impidiéndoles el paso a los españoles porque sabían que ellos quería tener el control de la zona. Eso probocó después que se diera una rebelión en Tenamachtli entre los años 1549 y 1562, haciendo que los problemas fueran mayores para todos, en donde muchos poblados perdieron la paz que tenían. Así pasó el tiempo, hasta que el grupo de los Coras volvieron a resistirse a otras expediciones militares que tuvieron la participación de cientos de hombres dispuestos pelear para conquistar ese lugar, en donde una de ellas fue la que se hizo en el año de 1592 que estuvo dirigida por el capitán Calderapero no prospero garacias a la unión y defensa de todos los pobladores hombres de El Nayar.

En el siglo XVIII, el gobierno virreinal volvió a tener el interés de conquistar los territorios de la Sierra de El Nayar, pero los indígenas sabían que eran muchos los interéses que los españoles tenían para apodersarse de su región, por lo que los indígenas asaltaron en el año de 1720, las poblaciones de Acaponeta, Aztlán y Sentispac. Dos años después, cuando el gobernador era Juan Flores de San Pedro, se dio una incursión militar en La Mesa del Nayar, en donde los Coras fueron vencidos por los españoles y esto sucedió a pesar de que pusieron resistencia y lucharon por tratar de impedir tal acción. Los coras estuvieron bajo el mando de Tlahuitole pero sus esfuerzos no tuvieron resultados positivos para ellos. Una vez que los españoles se apoderaron de la zona, el alfanje del caudillo Cora y los restos mortales del rey Nayarit, fueron trasladados a la capital de la Nueva España en donde en el año de 1723, serían quemados en presencia de la población, esto fue algo que indgnó a muchas personas que los indígenas no pudieron evitar que eso se llevara a cabo.

Fue entonces cuando en 1723 se fundó la cabecera municipal por parte de los misioneros jesuitas don Antonio de Arias y don Juan Flores de San Pedro, debido a que ellos también lograron entrar al territorio nayarita con la finalidad de evangelizar a toda la población, en donde con el tiempo el segundo padre fue designado gobernador de la provincia. En municipio de El Nayar fue la subprefectura de Jesús María, dependiente de la capital del territorio de Nayarit y esto se dio por casi dos siglos, sin presentar ningun cambio importante. Más tarde, cuando se dio el gobierno del General Juventino Espinosa Sánchez, por medio de un decreto legal se lograroncosas importantes en la región, una de ellas fue que en 1939 El Nayar logró obtener la categoría de municipio libre y constitucional pero fue hasta el año de 1944 que su nombre fue oficial y su cabecera municipal se fijó en Jesús María, lo que también sucedió con otros municipios del estado de Nayarit, esto trajo más avances a las poblaciones, haciendo que continuaran desarrollándose poco a poco y sobre todo mejorando la forma de vivir de las personas, gracias a la introducción de elementos que eran considerados como necesarios para mejorar las comunicaciones entre los poblados.

Es elemental decir que el gobierno del municipio le corresponde al ayuntamiento, el cual está integrado por el Presidente Municipal, un Síndico y el cabildo que está integrado por siete regidores, cinco han sido electos por mayoría relativa y dos por el principio de representación proporcional, en este sentido el ayuntamiento es electo para un periodo de tres años no renovables para el periodo inmediato pero si de forma no contínua, esto hizo que la situación cambiara en el municipio, trayendo prosperidad a sus habitantes, quienes con el tiempo crearon sus propias tradiciones, en donde las religiosas son de las más importantes que han existido y continúan existiendo en la actualidad y son punto de atracción en El Nayar, así como también las cívicas con festejos que se marcan en el calendario nacional y que son motivo de festejos especiales a los hombres históricos que hicieron cosas positivas por México. Es así como el municipio continuó creciendo, sus habitantes también evolucionaron su forma de vestir, de ser, de hablar y de relacionarse con los más, en donde la cultura y educación fueron piezas claves para el progreso de todas las sociedad de una región que ahora es muy popular y visitada por mexicanos y extranjeros.